Från Wikipedia: Berättelsen utspelar sig i modern tid och handlar om Miharu Rokujou, som bara ville leva ett normalt liv och ärva en Okonomiyaki-restaurang. För tillfället var hans största problem det ständiga tjatet från Kouichi Aizawa och Durandal Thobari Kumohira, som startade en Nindō (忍道?, lit. "Way of the Ninja"). Miharu ville inget med "ninjor" att göra och tackar nej till dem varje gång. Men snart blir han attackerad av en riktig grupp ninjor och skyddas av Kouichi och Kumohira. Där får Miharu veta om den dolda ninjavärlden Nabari, rollerna som hans klasskamrat och lärare i den världen, och om den hemliga konsten Shinra Banshou (森羅万象 Shinrabanshō?, bokstavligen "allt i naturen") inom honom. Den hemliga konsten, som innehåller all världens kunskap, är mycket eftertraktad i Nabari. Och på grund av det kan Miharu inte återgå till sitt normala liv. Han måste bli "Nabaris härskare" för att överleva. Från Baka-uppdateringar: Rokujou Miharu var en till synes motvillig gymnasiestudent som bodde i sin egen värld. Men inom honom lurade Nabaris yttersta kraft, "Allsmäktig". För att äga ett sådant överlägset vapen, svor Wolf Pack of Iga att föra Miharu tillbaka till Iga by. Å andra sidan var Miharus engelska lärare, Kumohira sensei, och klasskamrat, Kouichi, Banten-ninjorna vars uppdrag var att skydda Miharu. Ett krig som fördes om ägandet av "Allmäktiga" startade därmed. För att överleva måste Miharu gå in i den dolda världen Nabari, för att bli kung.
