I AG 101 (det 101: e året i Advanced Generation-kalendern) attackerar och förstör en mystisk enhet som bara kallas "UE" eller "okänd fiende" rymdkolonin Angel. Denna brutala attack blir ökänd som "The Day the Angel Fell" och markerar början på mänsklighetens krig för överlevnad. Serien börjar i AG 108 när UE attackerar rymdkolonin Ovan, där Flit Asuno nu bor efter att han flydde från kolonin Angel innan dess förstörelse. Flits mor strax innan hon dödas av UE, ger hon sin son ett föremål som heter ”AGE Device”. Inom den upptäcker han ritningarna för ett kraftfullt vapen från det förflutna - den forntida messias som heter "Gundam".
Från dessa ritningar spenderar Flit de närmaste åren på att studera teknik på en jordfederationsbas på rymdkolonin Nora och utforma Gundam AGE-1. Sju år senare, i AG 115, fullbordar Flit Gundam AGE-1 Normal, precis som UE attackerar Nora, och använder den för att hjälpa besättningen på Federationens slagfartyg "Diva" att evakuera kolonin medborgare innan den förstörs. Fast besluten att ta striden till UE för att förstöra sitt hem två gånger, samtycker Flit till att tjäna på Divas mobila kostymgrupp som styr Gundam. Efter att ha fått tillräckligt med data och militär makt för att upprätta en handlingsåtgärd, startade besättningen på Diva och deras allierade en framgångsrik attack som förstörde UE: s hemliga fästning i Ambat-asteroiden. Där lär de sig att UE faktiskt är ättlingar till ett förmodligen misslyckat mänskligt uppdrag som skickades för att kolonisera Mars, lämnat för döda av Earth Federation, som bildade sin egen nation på den röda planeten som heter Veigan.
