Sammanfattning
Historien följer Medaka Kurokami, en magnetisk och tilltalande förstaårs Hakoniwa Academy-elev som har valts till studentrådets president med 98% av rösterna. Hon behandlar dessa framställningar på sitt felaktiga sätt och med all hjälp med sin barndomskompis Zenkichi Hitoyoshi, inrättar hon en förslagslåda. På berättelsens tid distribueras studentrådets ledarplatser av henne till andra elever som Mogana Kikaijima och Kouki Akune.
Studentrådet lär sig att akademiets ordförande betyder att inleda ett jobb för att kraftfullt experimentera med rutinelever, Flaskplanen, kallad Normals, så att du kan förvandla dem till onormala, det är människor med övermänskliga krafter. Studentrådet kommer i konflikt med andra elever som arbetar med jobbet och infiltrerar skolans hemliga laboratorium.
Strax därefter utmanar Misogi Kumagawa som vill ersätta studentrådet med en av sina egna av Medaka till ett mästerskap studentrådet. Från hans krafter är två elever otätade efter Kumagawas nederlag och slutför transporten till Hakoniwa Academy. De två tenderar att vara starkare än Abnormals och kallas "Inte lika". Deras ledare, Anshin'in, hotar att starta om kolvplanen när Medaka har kommit framåt och driver deras efterträdare att utbildas av studentrådet. Ändå skulle den exakta strategin för Anshin'in vara att ha status som studentrådspresident för Zenkichi tillträda Medaka. Zenkichi lyckas och gör det med tanke på att förbättra studentlivet. Han övertygar Medaka att tillåta flaskplanen för de människor som inte är ovilliga.
Medaka tog sitt ansvar som president för studentrådet och Medaka blir snart involverad i ett mästerskap för att bestämma sin man. Medaka blir vinnaren och väljer att gifta sig Zenkichi efter att de båda klättrar och går in i sig själv. Strax efter lämnar nära vän Hansode Shiranui från Zenkichi skolan. Zenkichi och medaka finner att hon kommer att bli en annan värd för Iihiko Shishime, en 5000-årig varelse. Han besegras av medaka och försvinner efter att ha slutat med månen från att krascha mot jorden, helt enkelt för att återkomma i tid för tjänsten vid årsskiftet. Efter hennes återkomst antar hennes pappas position före familjens företagskonglomerat, Kurokami Group, för att senare återvända som den nya ordföranden och Medaka bestämmer sig för att lämna akademin. Tio år efter hade Zenkichi arbetat sig upp i Kurokami-gruppen och blivit en arbetare på hög nivå innan han återförenades med henne, och båda svor att aldrig splittras igen.