Negi Springfield, en 10-årig trollkarl, strävar efter att så småningom bli en "Magister Magi", en speciell trollkarl som, under sken av att arbeta under en NGO, använder sina krafter för att hjälpa vanliga individer. Efter att ha tagit examen från Merdiana Magic Academy i Wales kunde han delegeras jobbet att undervisa i engelska på mellanstadiet, där hans hemrumskurs består av 31 döttrar, var och en helt speciell på sitt eget sätt av Mahora Academy. Showen beskriver upplevelser och hans tid i Japan när han hjälper dem i deras problem, får godkännande och respekt från sina elever och konfronterar magiska faror både inifrån och utanför Mahora Academy. Negis huvudsakliga förhållande är med Asuna Kagurazaka, rumskamrat och hans elev, som ogillar honom till en början men efteråt känner igen honom som en vän och blir hans följeslagare även om alla kvinnor har sin egen bakgrundshistoria och karaktär. Han är också på jakt efter sin pappa som kallas Tusenmästaren.
Även om det från början såg ut att vara ett annat romantiskt komediverk med många bish?jo-karaktärer som Love Hina, har showen avancerat rakt in i en blandning av sh?nen romantik, fantasy, skräck, action och komedi. Akamatsu sa att han särskilt ville göra något "annorlunda" än Love Hina. Negi själv är prepubertär, och flera av hans scener med Asuna är unika varianter av trenden med "tråkiga romantiska scener" med haremmanga, omedelbart desarmerade och bara spelade för skratt. Dessutom är många av flickorna inte oförmögna att fawna över honom i barnslig mening utan förväntningar som är intima hos läsaren [studie som är unik?]
Genom att upprätthålla detta speciella mode anses Negi själv vara andra typiska manliga huvudroller i manga såväl som en jämförelse med Love Hinas Keitaro Urashima. Han är hårt arbetande, kompetent och vänligt bemött, men på grund av hans utseende och ålder (väldigt under majoriteten av hans elever) känner han sig totalt icke-hotande och har svårt att bli tagen på allvar som lärare; flera av hans elever hanterar honom som ett listigt litet barn, om inte en lekkamrat (eller leksak)
