Efter Tuatha de Danaans seajacking-händelse är det tillbaka till det normala på Jindai High School i Tokyo, eller så normalt som det blir med Sousuke som skyddar Kaname. Efter att ha upptäckt vem som förrådde Mithril och orsakade sjöjackningsincidenten skickas Kurz och Mao på ett topphemligt uppdrag för att fånga och föra förrädaren tillbaka.
Men Sousuke och Kanames liv håller på att förändras när de möter Leonard Testarossa, en högt rankad medlem i en mystisk grupp som heter Amalgam. Efter deras möte varnar Leonard henne för att han skulle göra vad som helst för att rekrytera henne även om det innebär krig på Tokyos gator.
