En enorm anomali härjade fastlandet i Japan och förstörde större delen av Tokyo och sänkte tre fjärdedelar av staden till havet.
Tio år senare skiftar berättelsen till Ganta Igarashi, en till synes genomsnittlig elev som går på mellanstadiet i Nagano Prefecture. Som rymling, en överlevande från jordbävningen som är fantastisk, har Ganta levt ett vanligt liv och har inga minnen från katastrofen. Allt detta förändras när en främmande man täckt av rubinrustningar och blod svävar genom hans klassrumsfönster. Den "röda mannen" flinar galet och massakrerar hela klassen Ganta, men istället för att döda honom, bäddar han in en rödaktig kristallskärva i Gantas torso. Inom några dagar efter massakern döms Ganta till döden i Deadman Wonderland, ett fängelse som fungerar som en nöjespark och utsätts för en kängururättssal som åtalad.
När Ganta anländer till fängelset blir Ganta utrustad med ett unikt grepp som spårar viktiga indikatorer och hans plats. Ett dödligt toxin injiceras kontinuerligt i hans blodomlopp genom greppet, men ändå kan det neutraliseras genom att ta en speciell sötliknande medicin var tredje gång, som ofta tas genom olika åtgärder i fängelset, dvs. , opererar back-stage, köper med förfalskade faktorer (en typ av pengar bland fångar på Deadman Wonderland), etc. För att samla Cast Points måste en gärningsman avrätta i anläggningens dödliga spel och leva. Lyckligtvis för Ganta hjälper en mystisk kvinna vid namn Shiro, som till synes förstår Ganta, och som förstås av andra fångar honom samtidigt.
Samtidigt som Ganta vill leva som en brottsling på dödsdömet, menar Ganta att hitta den "röda mannen" för att rensa sin titel. I en konstig vändning börjar Ganta få förmågan att kontrollera sitt blod, att göra det till ett vapen för idén. Okänd för Ganta, han har blivit en av fängelsets "Deadmen", ett isolerat antal fångar har Branches of Sin vilket gör dem kapabla att kontrollera sitt blod. Ganta är gjord för att delta i grymma gladiatoriska dödsmatcher som kallas Carnival Corpse, vars anonyma tittare betalar stora summor pengar för att observera efter att hans skicklighet har hittats. I sin långa kamp för att leva lyckas han bli vän med några av dem han kämpade emot på stadion och med deras hjälp fortsätter Ganta sin sökning för att upptäcka identifieringen av "Red Man", varför han förvandlades till rätt till en Deadman, såväl som de skumma hemligheter som kriminalvårdsmyndigheterna döljer
