Last Order startar när Desty Novas nanoteknik återuppväcker Alita i den flytande staden Tiphares. Stadens svarta hemligheter avslöjas brutalt, men det verkar vara en liten del av en värld som är komplicerad. När hon åker ut i rymden med gamla och nya företag för att lära sig mer om sitt bortglömda förflutna och på samma sätt, för att leta efter sin förlorade kompis Lou Collins, hamnar Alita i en interplanetarisk strid mellan huvudmakterna i solsystemet som koloniserades. På vägen bildar hon en allians med tre av Alita Replicas som nu har börjat tro på sig själva, en motbjudande superhacker, och Nova själv när hon går in i Zenith of Things Tournament (ZOTT), en kamptävling som hålls vart tionde år. Inklusive det sätt på vilket jorden dök upp från en katastrofal vinter som utplånade majoriteten av allmänheten under hela berättelsen, mer historia om inställningen av Battle Angel Alita som inte hade avslöjats i den tidigare strängen visas.
